การจัดลำดับ RNA เซลล์เดียวให้ข้อมูลมากมายเกี่ยวกับเซลล์ภายในเนื้อเยื่อเครื่องมือนี้ช่วยให้เราสามารถตอบคำถามนั้นด้วยวิธีการที่เป็นกลางซึ่งปรับปรุงจากเทคนิคการทำแผนที่เชิงพื้นที่ที่มีอยู่ในปัจจุบัน การจัดลำดับ RNA เซลล์เดียวเป็นวิธีการที่จัดตั้งขึ้นเพื่อวิเคราะห์การแสดงออกของยีนของเซลล์แต่ละเซลล์จำนวนมากจากตัวอย่าง

แต่ไม่สามารถให้ข้อมูลเกี่ยวกับตำแหน่งของเซลล์ภายในเนื้อเยื่อได้ ในทางกลับกัน การทดสอบ ST สามารถวัดการแสดงออกของยีนเชิงพื้นที่โดยการวิเคราะห์เซลล์กลุ่มเล็กๆ จำนวนมากทั่วเนื้อเยื่อ แต่ไม่สามารถให้ความละเอียดในเซลล์เดียวได้ วิธีการคำนวณในปัจจุบันที่เรียกว่าเทคนิค deconvolution สามารถระบุประเภทเซลล์ต่างๆ ที่มีอยู่จากข้อมูล ST แต่ไม่สามารถให้ข้อมูลโดยละเอียดในระดับเซลล์เดียวได้ การใช้ข้อมูล scRNA-seq และ ST ที่เปิดเผยต่อสาธารณชนจากเนื้อเยื่อสมองและไต นักวิจัยได้แสดงให้เห็นว่า CellTrek บรรลุความละเอียดเชิงพื้นที่ที่แม่นยำและมีรายละเอียดมากที่สุดของวิธีการที่ประเมิน วิธีการของ CellTrek ยังสามารถแยกแยะความแตกต่างของการแสดงออกของยีนที่ละเอียดอ่อนภายในเซลล์ประเภทเดียวกันเพื่อรับข้อมูลเกี่ยวกับความแตกต่างภายในตัวอย่าง