สาเหตุของความผิดปกติของออทิสติกสเปกตรัม ซึ่งรวมถึงปัจจัยทางพันธุกรรมและสิ่งแวดล้อมยังไม่เป็นที่เข้าใจทั้งหมด การศึกษาจำนวนมากได้แสดงให้เห็นแล้วว่าการติดเชื้อร้ายแรงของมารดาในระหว่างตั้งครรภ์นั้นสัมพันธ์กับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นสำหรับลูกหลานทั้งในคนและในสัตว์ ความเสี่ยงต่ำสุดสำหรับ ASD นั้นสัมพันธ์กับระดับกลางของเครื่องหมายภูมิคุ้มกันที่วัดได้ตั้งแต่แรกเกิด

ในขณะที่มากเกินไปหรือไม่เพียงพอเชื่อมโยงกับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้น การศึกษาขึ้นอยู่กับแนวคิดที่ว่าสมองที่กำลังพัฒนาอาจมีความเสี่ยงต่อการรบกวนสัญญาณภูมิคุ้มกันและการอักเสบ โมเลกุลที่เรียกว่าโปรตีนระยะเฉียบพลันซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของระบบภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติ ซึ่งเป็นแนวป้องกันแรกของเราในการป้องกันการติดเชื้อและคอยติดตามร่างกายเพื่อหาสัญญาณของการบุกรุกอยู่เสมอ โมเลกุลเหล่านี้ไหลเวียนอยู่ในกระแสเลือดของเราตลอดเวลา แต่สามารถเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วหลังจากสัมผัสกับการติดเชื้อ